病原宏基因檢測，mNGS陰性結果，如何判讀？-達康基因-達安基因達康

病原宏基因檢測，mNGS陰性結果，如何判讀？

2023-10-27

病原宏基因組測序技術(mNGS)是一項無偏倚、全覆蓋的病原學診斷方法，可檢測到樣本中所有病原微生物的核酸信息，被廣泛用于感染性疾病輔助診斷。但是，該技術在帶給臨床醫生更多的診斷信息的同時，也給醫生帶來一些疑惑，尤其是“遇之色變”的陰性報告。導致mNGS陰性的原因有哪些？如何看待mNGS陰性報告呢？本文就相關問題予以簡述。

mNGS 陰性結果可能的原因：

病原體載量低：由于患者本身感染情況、服用抗生素、樣本選擇欠合理等因素，導致送檢樣本中病原體含量較低，病原體核酸被人源核酸信息覆蓋，無法捕獲到相關病原體信息，造成假陰性結果。

樣本質量不佳：除樣本類型選擇之外，樣本采集手法、采樣時間的選擇以及樣本保存等也是影響mNGS結果的常見原因。如對急性病毒性腦膜炎患者，病毒只在發病最初幾小時或幾天存在于腦脊液，錯過最佳時間采集腦脊液樣本可能無助于mNGS檢測。此外，樣本保存和運輸條件不當可能導致微生物核酸（尤其是RNA）的降解，導致結果陰性。

核酸提取效率低：某些病原體（如真菌、結核）的細胞壁較厚，核酸提取困難，而對于無細胞（如病毒）或細胞壁較薄的病原微生物，即使應用常規的破壁方法，也會造成核酸損失，兩種情況均會造成假陰性的結果。

數據庫不完善：微生物數據庫中，病原體菌株參考序列不完整、參考數據庫具有物種偏好性以及遺傳相似性過高的種屬出現錯誤分類等，均可能導致假陰性結果。

非感染性疾?。?/span>感染性疾病和非感染性疾病的臨床癥狀常有相似的部分，如感染性腦炎和自身免疫性腦炎臨床癥狀相似，依賴臨床表現較難區分，非感染患者的mNGS檢測將出現陰性結果。

當拿到一份陰性報告，尤其是對于臨床上明顯存在感染征象，但mNGS檢測結果卻是陰性時，究竟該如何看待呢？

mNGS陰性結果的臨床決策：

近兩年國內專家針對mNGS報告解讀發布了專家共識，如2022年發表的《重癥社區獲得性肺炎患者支氣管肺泡灌洗液的宏基因組測序結果臨床判讀指導原則》和2023年發表的《下呼吸道感染宏基因組二代測序報告臨床解讀路徑專家共識》，為mNGS報告解讀提供專業指導。

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結合專家共識意見，針對mNGS陰性報告可以參考以下四步走策略進行綜合考量，附注進行臨床治療決策：

1.考慮報告中詳細列表及“人體共生微生物及疑似背景菌列表”病原微生物致病可能性；

2.樣本信息回顧，排除“漏報”可能：考慮樣本中的病原微生物載量及人源序列對檢測結果的干擾，必要時可查詢原始數據，明確未報出的病原微生物信息；

3.了解檢測方法差異：不同病原微生物檢測技術優劣勢明顯，對于某些核酸提取困難的病原微生物如結核、真菌等，應考慮mNGS檢測靈敏度較低，其性能不一定優于培養、PCR等常規檢測方法。為最大程度實現mNGS技術的臨床應用價值，必要時需要聯合傳統檢測方法協助診斷，形成優勢互補，真正實現病原“全覆蓋”；

4.考慮mNGS檢測陰性價值：綜合以上因素后，結合患者臨床癥狀，若支持非感染性疾病，建議對原發疾病進行診治。

達瑞檢驗mNGS假陰性防范措施：

為盡可能提高檢測性能，降低假陰性結果發生概率，達瑞檢驗在關鍵環節進行性能優化，竭力為臨床提供更能真實反應樣本中病原微生物情況的結果，具體舉措如下：

1.提高核酸提取效率：不同微生物細胞結構差異大，提取流程中破壁過程和條件均影響核酸提取效率。為提高厚壁菌及胞內菌的核酸釋放率，達瑞檢驗采用“三重破壁”方式，提高厚壁菌及胞內菌的檢出率。

2.采用DNA和RNA共建庫：一次核酸提取，針對DNA和RNA病原同時建庫，減少核酸損失，實現病原全覆蓋。

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3.去人源驗證：對于人源細胞濃度高的樣本（如胸腔積液、嚴重血性腦脊液等），為降低病原體漏檢率，設置去人源驗證過程。

4.構建完整且高質量的病原微生物數據庫：對權威數據庫中基因組序列進行挑選、整理、去除冗余，整合達瑞檢驗長期臨床檢測數據，形成達瑞檢驗特有的mNGS數據庫，并保持持續更新。

因此，對mNGS結果的正確解需讀立足于技術特點+臨床癥狀+樣本質量，在了解技術特點的前提下，確保樣本的有效性及合理性，正確評估患者病情，對陰性結果進行綜合解讀。